El proyecto que culmina en la ejecución del Retablo del altar mayor de la Mezquita –Catedral se presenta en febrero de 1618. Su autor, Alonso Matías de la Compañía de Jesús elige como materiales de construcción mármol y bronce, de fácil obtención para el cabildo, ya que proceden de las cercanas canteras de Cabra, Luque y Carcabuey y conceden a la obra la elegancia y solidez que manifiesta.
Sobre el banco se apoya un primer cuerpo donde cuatro columnas acanaladas estructuran sus tres calles. Ocupa el espacio central el templete o sagrario, que queda custodiado por las representaciones de los mártires y patronos de la ciudad, San Acisclo y Santa Victoria. Remata la obra un gran ático donde quedan reflejados los también mártires San Eulogio o San Pelagio, y Flora o Santa Digna, a ambos lados de la gran pintura central con la titular de la Catedral, Santa María de la Asunción.
Arte y pintura en el altar mayor de la Mezquita Catedral
Las pinturas que actualmente encontramos son de Antonio Acisclo Palomino, también autor de tres grandes pinturas que encontramos en la Capilla del Cardenal Salazar, que sustituyen desde 1713 a las precedentes y originales, con el mismo programa iconográfico que fueron obra de Cristóbal Vela Cobo.
El bronce es el material propuesto por Alonso Manrique, para que conocidos plateros como Pedro y Diego León o Pedro de Bares ejecuten los capiteles corintios, sus correspondientes basas, y los canecillos que soportan la cornisa y el frontón.
El hermano Alonso Matías no pudo concluir su retablo. Ante la satisfacción por el trabajo realizado, el cabildo decide nombrar maestro mayor de la Catedral al prelado jesuita. Sin embargo el sueldo de 40.000 maravedíes y dos cahices de trigo anuales, eran a juicio del maestro general de la orden contrarios a los votos de pobreza de la orden. Será Juan de Aranda Salazar quien continúe en el cargo.
Un interesante programa escultórico custodia los cinco lienzos. Corona el ático un busto del Padre eterno, obra de Matías Conrado, mientras que las dos esculturas de San Pedro y San Pablo las realiza Pedro Freile de Guevara en1 626-27. Son del mismo autor las esculturas alegóricas menores que reposan sobre los lienzos, la justicia y la templanza en el ático, y en el primer cuerpo, sobre los patronos, la iglesia y la abundancia. Sobre la cornisa central que divide ambos cuerpos descansan la fe y la esperanza.
Será el siguiente maestro mayor, Sebastián Vidal, el encargado de culminar con la ejecución del Templete, custodia o sagrario, en 1652, respetando el concepto de Alonso Matías. Compuesto en dos cuerpos, cuadrado el primero, y circular el superior, se remata en cúpula con linterna. Pequeñas columnas sostienen las esquinas del primer cuerpo, las verdes son de Jaspe y obra de Cristóbal de las Landeras, y se adosan al cuerpo circular.
El expolio francés
El expolio francés durante la ocupación se lleva dos candelabros de plata creados para el altar, a los que acompañaban los 12 grandes blandones de latón que sí se conservan. También se llevaron la anterior mesa de altar ofrenda del cardenal Salazar. La que la sustituye es de 1818 y la dona el Obispo Antonio de Trevilla El obispo don Cristóbal de Lovera dona en 1630 la gran lámpara de plata hecha por Martín Sánchez de la Cruz, cuelga frente al Templete, y sobre el altar mayor.
La contribución del obispo fray Diego de Mardones
Sin duda la contribución que hizo el obispo fray Diego de Mardones fue vital para la ejecución del retablo mayor de la Mezquita-Catedral de Córdoba. La respuesta del cabildo le permite elegir donde será su entierro, en la capilla mayor. Su figura orante queda embarcada en un nicho sobre el pilar del lado de la epístola, obra de Juan Sequero de la Matilla. En el lado del evangelio le acompaña la figura de un apóstol Santiago Matamoros”.